ฮิวงะ ซากิ นักเรียนชั้น ม.2 พิชเชอร์ของชมรมซอฟท์บอลจากโรงเรียนยูนากิ ได้เจอกับเด็กสาวแปลกหน้าแต่รู้สึกคุ้นเคยเป็นอย่างมาก มิโช ไม ที่ใต้ต้นไม้แห่งท้องฟ้าในป่าโทเนริโกะบนภูเขา ความจริงแล้วทั้งคู่เคยเจอกันในคืนงานเทศกาลหน้าร้อนที่มีดาวตกเมื่อ 5 ปีก่อน ซากิกับไมได้เจอกับตัวประหลาดจากดินแดนแห่งน้ำ ภูติแห่งดอกไม้ชื่อ "แฟลปปี้" กับภูติแห่งนกชื่อ "ชปปี้" เพื่อปกป้องแฟลปปี้กับชปปี้ ซากิกับไมจึงได้กลายเป็นนักรบในตำนานพริตตี้เคียว แฟลปปี้กับชปปี้ขอร้องให้ซากิกับไมต่อสู้ร่วมกันในฐานะนักรบในตำนานเพื่อปกป้องต้นไม้แห่งโลก ต้นไม้ที่อยู่เหนือสิ่งมีชีวิตทุกสิ่งในทุกโลก ตอนนี้กลุ่มคนที่ใช้ชื่อว่าดาร์คฟอลจ้องทำลายต้นไม้แห่งโลก โดยการทำลายบ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์ทั้ง 7 ที่หล่อเลี้ยงต้นไม้แห่งโลกอยู่ เป็นหน้าที่ของพริตตี้เคียวที่จะต้องฟื้นคืนสภาพบ่อน้ำให้กลับมาอีกครั้งและต้องปกป้องบ่อน้ำแห่งดวงอาทิตย์ บ่อน้ำแห่งสุดท้ายที่ยังไม่ถูกทำลายอีกด้วย